La chiesa, eretta nella parte settentrionale di Cannaregio verso la metà del XIV secolo per opera della congregazione degli Umiliati, fu dedicata inizialmente a San Cristoforo e successivamente alla Madonna.
L’attuale denominazione fu voluta dal popolo in seguito alla collocazione della statua della Vergine con Bambino, opera parzialmente incompiuta di Giovanni de Santi, realizzata in origine su commissione del parroco di Santa Maria di Formosa che, ancora in fase di realizzazione, non trovandola di suo gusto la rifiutò. De Santi, allora, decise di posizionarla provvisoriamente nel suo orto quando la moglie una notte si accorse che la statua emanava strani bagliori. A seguito della veloce diffusione della notizia, il sito fu destinazione di innumerevoli pellegrinaggi. La statua fu fortemente venerata dai fedeli e iniziarono a verificarsi alcuni miracoli. Il Vescovo di San Pietro di Castello, allora, incitò lo scultore a trasferire la statua della Madonna all’interno della chiesa – oggi custodita all’interno della Cappella di San Mauro. La Chiesa è uno degli esempi più calzanti di gotico veneziano.
L’affascinante facciata, divisa in tre parti, è stata realizzata in cotto ed è considerata una tra le più belle ed interessanti facciate delle chiese di Venezia. Negli spioventi di destra e sinistra, all’interno delle nicchie sono custodite dodici statue raffiguranti gli Apostoli, opera dei Dalle Masegne, mentre nelle aree laterali spiccano delle bellissime quadrifore in gotico fiorito. La parte centrale, nella cui parte superiore sono posizionati un grande rosone centrale e uno più piccolo sulla sommita’, ospita il magnifico portale opera di Bartolomeo Bon sul cui arco acuto troneggiano le statue rinascimentali dell’Arcangelo Gabriele e dell’Annunciata probabilmente attribuibili ad Antonio Rizzo , mentre sul vertice superiore si innalza la statua di San Cristoforo opera gotica di Matteo Raverti.
L’interno della chiesa è molto luminoso ed è costituito da una tipica pianta basilicale rettangolare a tre navate con colonne massicce in marmo greco che sorreggono archi acuti a doppia cornice.

Opere d’arte nella chiesa

La chiesa della Madonna dell’orto custodisce una raccolta di dieci tele del Tintoretto di inestimabile valore tra le quali:

• Presentazione di Maria al Tempio (1550 – 1553) sulla navata destra;
• La decollazione di S. Paolo (1550 – 1553) sul lato destro dell’abside;
• Le quattro Virtù Cardinali: Prudenza e Fortezza, catino dell’abside;
• La visione della Croce a S. Pietro (1550 – 1553) che si trova sul lato sinistro dell’abside;
• Il Giudizio universale (1563) posizionato sul lato destro del presbiterio;
• L’adorazione del vitello d’oro (1563) posta sul lato sinistro del presbiterio;
• Il miracolo di S. Agnese (1575) custodito nella cappella Contarini o dei “ Celestini”;

Ricco di opere d’arte, il tempio ospita sul primo altare a destra, la pala di San Giovanni Battista e Santi, risalente al quattrocento, opera di Giambattista Cima da Conegliano.

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